es que cada programa tiene su configuracion distinta, debe ser dificil hacer algo que se adapte a todos, creo que no queda otra que hacerlo a mano para cada uno, y si te referis donde guardar eso, lo podes hacer en archvios .ini como hacen la mayoria de programas guardan sus configuraciones ahi, y si alguien lo borra, pues lo genera de nuevo con las opciones por defecto.
saludos.