Primero que nada creo que el titulo del post es incorrecto, cuando lei tu titulo pensé que hablarías sobre Access, pero como hablas sobre MySQL lo mas correcto seria: "Puntos a tener en cuenta en un sistema Cliente/Servidor."
Los C/S ya son multiusuarios, pero los multiusuarios no necesariamente son C/S.
Yendo a tu tema, un poco difícil darte una respuesta viendo solo un arbol y no todo el bosque. Naturalmente no es viable que nos pintes el bosque asi que en mi caso tratare de soltar algo a ver a que le atino.
Si usas 2 BDs no le veo problema
Si usas 1 BD y 2 tablas tampoco le veo problema
Si usas 1 BD y 1 tabla (para este caso), tampoco le veo problema.
Todo radica en el diseño. Ciertamente cuando hagas consultas de consolidados le veo un poco mas de chamba a usar 2 o 3 BDs.
Fijate, en el ejemplo que pones, que uses 1 tabla en MySQL siempre que esté bien diseñadita y con los indices bien definidos la cosa ira bien (previo mantenimiento).
He visto en varios ERPs (que por definicion son sistemas grandes) que usan una sola BD, pero crean conjuntos de tablas por empresas. Por ejemplo:
Las tablas matrices (digamos que son 50):
Tabla1
Tabla2
... etc
Creo una empresa llamada EmpresaA y en la creación corres un script que te crea una copia de las 50 tablas pero con el prefijo de la empresa, llamándose entonces:
EmpresaA_Tabla1
EmpresaA_Tabla2
etc.
Entonces ya sabrías que hacer si creas la EmpresaB.
Pero luego comentas en tu post que para una factura en la tiendaA tienes la serie 001 y para la tiendaB tienes la serie 002, esto me invita a pensar que no es un sistema multiempresa sino un sistema multitienda, osea es la misma empresa con varias sucursales, igual podrías aplicar lo del ejemplo de las ERPs que te comento, pero yo en un escenario exactamente igual al que planteas preferí no dispararme la creación de esas 50 tablas del ejemplo anterior, sino use campos que distinguen las tiendas, ya van 2 años de esto y en marzo de 2013 seran 3 años y hasta la fecha la performance se mantiene mejor de lo esperado.
Osea, tengo 2 tablas para los documentos contables (factura y boletas de venta, las guia de remisión las llevo aparte), Estas tablas son CAB y DET.
En la tabla CAB entre otros campos tengo:
CAB_SUC_ID --> Id de la sucursal
CAB_DOC_ID --> Id del tipo de documento (2 factu, 3 BV)
CAB_DOC_SER --> Serie emitida
CAB_DOC_NUM --> Numero emitido
etc.
Y como dije, vamos bien. Recuerda que no basta que el motor sea bueno ya que la mayoria de motores en realidad son buenos, lo que interesa es tu diseño de la BD.
Saludos