no crean/generan ningún .exe, en realidad lo que hacen es tener por ejemplo: un exe con todas las funciones previamente creadas, luego este exe va a parar dentro de otro .exe como archivo de recurso, luego este ultimo lo extrae de si mismo (Simulado que lo esta generando) y escarice al final del .exe los parámetros para dichas funciones (según como indicaste en el supuesto "generador"), cuando se ejecuta el exe final, este lee dentro de si mismo estos parámetros y ejecuta sus funciones.
probable mente no me hallas entendido nada pero hay información mas clara de todo esto en la web