Hola Yvan, yo tengo la misma configuracion que la tuya, con la unica diferencia que hace poco compre un HDD de 1TB SATA3 como "master" y quedo el de 250 como "almacenamiento" (al igual que el otro de 1TB).
El viejo de 1TB presento sectores defectuosos hace mucho tiempo, pero luego del chck disk, quedaron marcados como defectuosos, y 0 problemas.
Por el momento tengo seleccionado que se apaguen los discos, y el click que escuchas es normal. Lo que no seria normal es que haga click constantemente.
Es mas, hay hdds viejos que hacian click y luego un ruido como si estuvieran accionando engranajes muy grandes, pero era normal.
Para estar mas seguro, hace como te indicaron arriba y cheaquea el disco entero... pero no deberia estar en mala forma...
saludos