Ya esta, con ayuda de ustedes logré resolverlo. Es como venían diciendo pero el code original de mi amigo Ariel me daba lo mismo porque alli se seguía trabajando con el Label, recién y mas relajado y luego de grabar el video de arriba es que hice lo que dijo Lea y trabaje directamente con el Picture borrando el label.:
I = I + 1
Picture1.Cls
Picture1.Print Format(Int(I / 36000) Mod 24, "00") & ":" & _
Format(Int(I / 600) Mod 60, "00") & ":" & _
Format(Int(I / 10) Mod 60, "00") & ":" & _
Format(I Mod 10, "00")
Y claro, el Autoredraw en True. Igual seria interesante saber porque me salia este parpadeo, aunque debe tratarse de un caso aislado, ya que a los demas no les salio, a mi me fastidio y en dos maquinas el codigo original que postee y que a los demas les funciono bien, pero por el momento con esto ya esta resuelto y puedo continuar con el proyecto.
Un abrazo a todos y gracias.