Complicado temita.
No se, quizá podrías intentar prefijarlos, he visto ERPs que lo manejan así. Puedes usar una herramienta de migración que te permita hacer eso y de allí hacer consultas usando los prefijos como diferenciador. ¿Se entiende? creo que no mucho porque estoy bebiendo solo, no tengo ningún amigo programador a 50km a la redonda para tomarnos unos tragos, rajar de los usuarios como es debido, comentar código viejo, reventar botella por VB6, etc, deberíamos sinceramente concretar una reu un día al año como este para hacer un HungOut y ponernos a brindar, sera para el próximo año... o pa' mi santo en pocos dias a ver si me regalan su presencia virtual jeje).
Asumo que la BD1 es igual a la BD2, en su estructura me refiero. Por tanto. Podrías migrar todas las tablas de la BD1 anteponiendo el prefijo (no se, S de sucursal) S01_TUTABLA1, S01_TUTABLA2, etc etc y luego que termines te traes todas las tablas de la BD2 con nombres S02_TUTABLA1, S02_TUTABLA2, etc etc.
Lo rico de esta forma es que puede existir una S03 y hacer el mismo procedimiento. De alli despues y con calma puedes extraer los maestros que compartiran todas las sucursales (productos, clientes, proveedores).
Las consultas también son sencillas, si tienes los SQL en funciones es mas fácil, uno de los parámetros es la sucursal con lo cual armas la consulta, dicho de otra manera trabajarías así:
SUC = "S01_"
Select SUC & "TUTABLA1, " & SUC & "TUTABLA2, ".... etc.
¿me deje explicar?
Ahora, si quieres usar la misma tabla para todas las sucursales entonces no te queda de otra que crear un nuevo campo en TODAS las tablas transaccionales llamado digamos SUCURSAL del tipo numérico y luego mover los datos de la sucursal 1, en los querys de dicha migración agregaras 1 al campo sucursal, y luego repites el procedimiento para la sucursal 2 con el numero 2 para el campo sucursal obviamente. Esta forma te permite a mi parecer un manejo de consultas a posteriori un poco mas sencillo todavia.
Estoy pecando de ser bastante genérico en ambos ejemplos naturalmente porque no tengo los detalles de la estructura, del diseño de tu BD y de esa forma sugerirte de forma mas efectiva cual de las dos metodologias seguir pero creo que con esas dos tienes para ir tentando tu solución.
Besos Abrazos y Salud!!