Espero mi comentario no llegue un poco tarde, pueda acoplarse al tema y solvente posibles dudas...!
Por que es importante registrar la sucursal en todas las tablas?
Esto se debe a que los procesos administrativos de las sucursales son individuales, es decir, solo le pertenecen a ellas, tales como: FACTURAS, NOTAS DE CREDITO O DEVOLUCIONES, NOTAS DE DESPACHOS, COMPRAS, ETC...
Gracias a una excelente estructura de BD, podrás validar aun cuando tu software es MULTISUCURSAL, a que Sucursal pertenece una factura X, ya que el correlativo para todas sera el mismo, pero lo que identificará a la factura como única será la unión entre el id de sucursal y el numero de factura. Espero hacerme entender.
Por que usar MySQL? SQL Server? ORACLE?
Estos son motores poderosos, de cierta forma Access nos saca la pata del barro, pero es mejor usar y trabajar con herramientas potentes que sabemos que darán la talla, a trabajar con una que quizás se joda en un corto tiempo.
Yvan expuso que para tu Migración vayas identificando según tu BD en las tablas cuales registros pertenecen a cual sucursal. Esto debes hacerlo por separado, abres la BD de una sucursal, trabajas en ella agregando el id de la sucursal en todas sus tablas, y así con la otra BD de la otra sucursal, posteriormente, exportas esto a MySQL (Presumo que es el que estas usando ya) y listo, tendrás en tu BD los registros organizados por Sucursal.
Ya no tengo más que acotar, y antes de despedirme, un abrazo a mi estimado amigo Yvan, Sebaneo, y a los demás también.. Cuando decidan organizar una videoconferencia, para intercambiar ideas, o joder borrachos, avisenme...! A ver si quizas jugamos CS1.6 y los mato a todos...! jajajajaja "Recuerdos le debe traer esto a Yvan..."