Concuerdo con Abner.
Sin embargo, insisto que creo que quiza los artículos no estan dimensionados, como dije 98,000 no le hace cosquilla al motor pero ¿Que negocio puede tener 98 mil artículos identificados? un supermercado y a veces no llegan ni a 50 mil, en todo caso llama poderosamente la atención que un negocio con 98k de articulos este teniendo estos inconvenientes e inquietudes, es muy extraño, 98 mil lo lleva un negocio importante... como dije, quiza no son 98 mil y en realidad solo deben ser por ejemplo 10 mil.
Un producto NO dimensionado seria mas o menos asi:
20 unid Camisa John Holden Blanco M
50 unid Camisa John Holden Verde M
30 unid Camisa John Holden Azul M
10 unid Camisa John Holden Blanco S
40 unid Camisa John Holden Celeste S
Alli vemos 5 items, o sea, 5 productos identificados... pero llevarlo asi esta mal, aumentas items innecesariamente y una gestion mas ineficiente, ese producto es uno solo: "Camisa John Holden" y existen 150 unidades pero (en este caso) tiene 2 dimensiones: Talla y Color y se requiere de otra tabla para su control, pero bueno eso ya es materia de otro curso.
Y si como dice Abner 40 minutos es un espanto y un ejemplo claro y evidente que alguien la esta recontra cagando, es mas, para un update y para esa tabla 10 segundos no mas ya es de asustarse, asi como esta ese sistema olvidate de hacer consultas online, hay base de datos con cientos de millones de registros al servicio de la nube y jamas se concebiría que tarde siquiera 1 minuto.
Amigo ajav7, entiéndenos que no te estamos atacando a ti, sino al proceder, POR SI ACASO no nos mal interpretes pero las cosas como son, sin adornos, los consejos se te regalan practicamente de forma desinteresada y lo recomendable es que lo aproveches, creo que no te estas percatando que hay un roche mas grande que debes atender. Posiblemente estas usando el SQL Server como un repositorio, sin utilizar indices siquiera ni ninguna de las bondades que te brinda un motor, o quizá tu código este haciendo ciclos donde no debe en el momento que no debe.
Bueno van a ser las 2am, al sobre.
SAludos