No es obligación usar el asistente de empaquetado del VB, peeero si no lo haces, tener que tener muy claro que ocx, dlls usa tu aplicacion.
Lo que hace InnoSetup es copiar los archivos que vos le digas (exe, ocx, dlls, imagenes, lo que se te ocurra) en el lugar donde vos le indiques (dir de tu app, windows, etc) y si le indicas en el caso de los ocx los registra.
Los runtime de VB "en teoria" ya vienen con windows, pero si queres los podes agregar, hay problema con alguno que no recuerdo ahora, que no hay que copiarlo porque es un archivo de sistema de win y está protegido