Yo simepre compilo a código nativo y no tengo problemas...
Si compilas a P-Code, es muy probable que sea más compatible, ya que es código intermedio, pero...
...esto era muy cierto 15 años atrás que había procesadores que incluían algunas instrucciones y los más viejos no... ahora todos, incluyen esas instrucciones, luego hoy día no habría diferencias de compatibilidad.
En código nativo, además de velocidad y menor tamaño, también queda más protegido contra desemsamblar, ya que el compilador hace optimizaciones que resueve de una manera u otra, por lo que no es revesible a código VB, como si lo es con p_Code.... pero vamos dejando aparte esto, solo por velocidad y tamaño, merece compilarlo a código nativo.
Si tienes VB6 y VB5, deshazte de VB5 (al menos al compilar) y usa sólo VB6... se corrigieron muchos bugs entre versiones y hubo varios cambios significativos. Con VB5 es más probable que no funcione bien en algunos sistemas al depender de librerías que ya nadie tiene. Las de VB6, aún se conservan...y hasta 2024, Microsoft, seguirá conservándolas.
Poder usarlas en otras plataformas, suele ser dependiente del contenedor, de las capacidades que provee... yo he llegado a importar controles de usuario en proyectos de vb2010, con ligeros cambios (en el código del control y luego vuelta a compilarlo)...