Yo creo que deberian ser 3 tablas. master, factura_detalle y remito_detalle.
Ya que el encabezado es el mismo salvo por un detalle: la fecha. Por lo que tendras que tener una columna fecha_remito y otra fecha_factura.
No combinaria las 2 tablas detalles porque pueeede que se de que una factura sea distinta de uno o más remitos (ej: 2 remitos hacia una factura o caso de robo/extravio/se hecho algo a perder, lo que acuerden las partes puede que sea distinto... aunque depende si las leyes de en donde estas permiten esto o no.)