Estimado pepino
Si existen maneras para que un user control que es contendor de controles sea transparente, al menos he experimentado con dos.
La primera fue sub clasificando el user control, pero no siempre me ha funcionado adecuadamente pues dependiendo de los controles que colocaba dentro, la sub clasificación me generaba un error no controlado y se caía todo.
La segunda, y es la que uso, consiste en que el mismo user control capture la imagen de fondo donde va quedar ubicado el user control para luego dicha imagen cargarla como imagen de fondo del user control. Todo este proceso se realiza en memoria. Esto en realidad es más un truco, ya que el user control no es transparente.
Saludos desde algún lugar de Lima-Perú