mmm, como digo quiza a ese script le falte algun parametro donde especificas la BD o desregistrando las otras BDs, en todo caso me parece que ya es un tema de MySQL (que no domino) porque en mi caso no sucede eso, en BDs de estructuras iguales solo me trae de la que hago la consulta con este método:
rs.Open "SELECT Gen_ID(GEN_MiTabla_ID, 0) FROM RDB$DATABASE", dB, 1, 1
sqlGEN = rsGEN_MiTabla.Fields(0)
y sqlGEN tiene el ultimo id de la tabla MiTabla asi tenga 3 BDs con tablas llamadas MiTabla, la consulta es a la que tengo activa.
Por alli que Sebas, Wolf o Scan nos de una mano.