Ojo, no siempre te permiten hacer hotlinking desde FTP (o sea, algunos hosting bloquean el acceso desde FTP, porque es privado, tienes que poner usuario y contraseña)
Donde tienes tu html (por ejemplo, en la carpeta htdocs del FTP) pon ahi el exe, y despues prueba:
Si para entrar a index.html pones "raul338.com.ar", para ir al exe capaz pones "raul338.com.ar/miAPP.exe"
Tambien hay paginas web no aceptan entrar directo, o sea, tienes que hacer un html con <a href="raul338.com.ar/miAPP.exe">Link</a> y de ahi recien podras bajarlo, pero cada hosting es un mundo xD y nunca tuve uno pago
