Todo lo que sea configuracion o datos va ahi, solamente los ejecutables, librerias y demas van en la carpeta del programa, es por un tema de seguridad, no se puede modificar nada de un programa si no se tienen los permisos necesarios. Los datos van separados, si miras en esa carpeta vas a ver que todas las aplicaciones guardan algo, esto aparte es util si se quiere hacer un backup, la parte de datos y configuracion esta centralizado en vez de estar mezclada con las aplicaciones.