En ese caso debes modificar la orden de compra y ajustarla a la facturación que estas recibiendo. Por lo general el proceso administrativo es:
1ero Recibes el presupuesto o factura del proveedor, y generas la orden de compra.
2do. Procesas la orden de compra, transformandola en una compra (En caso tal de ser una factura) y determinando la forma de pago de la misma para efectos de cobranza, adicionalmente registras el ingreso de la mercancía. Este paso se ejecuta al recibir la factura...!
3ero. De ser a credito, registras una cuenta pendiente para el proveedor. De ser de contado, simplemente procesas el pago al proveedor y ya.