Estimado Bazooka
Respecto a tu pregunta la respuesta definitivamente SI es posible realzar una compilación, a demanda, sin necesidad de abrir el IDE de VB. La única duda que me queda es si dicha compilación quieres que se realice en la PC de tu cliente después de instalar tú aplicación (en ese caso deberás de distribuir los archivos C2.exe, Link.exe entre otros) o lo vas a realizar tú PC de forma automatizada. Ten en cuenta que esta es una idea básica, tendrás que refinarla un poco más para que no te crackeen fácilmente tu aplicación.
¿Que tipo de archivo es el que quieres compilar .EXE, .DLL, .OCX?
Otra alternativa para no tener que estar compilando es modificar a nivel binario un archivo (.EXE, .DLL, etc) o conjunto de archivos. Me explico, en tú archivo .EXE declara una constante del tipo String y asígnale un valor este valor será el número de dispositivo USB (encriptado y con longitud fija) luego con un editor binario identifica en que posición se ubica el valor y reemplaza o editas dichos bits con el valor que corresponda
Saludos, desde algún lugar de Lima-Perú