Tené en cuenta que si abrís el archivo en modo "Input", cada vez que lo hagas reemplazará el archivo anterior. Y si lo abrís en modo "Append", como pusiste en tu último mensaje, va a ir agregando las líneas de texto que vayas insertando. Es decir, si tenés un archivo con tres líneas de texto y después lo abrís en modo "Input" e insertás dos líneas, lo que habrás hecho es reemplazar el archivo de tres líneas por uno nuevo, con dos líneas. Si, en cambio, lo abrís en modo "Append" e insertás dos líneas, lo que habrás hecho es agregar dos líneas al archivo que tenía tres, con lo que te va a quedar uno con cinco líneas.
Jerónimo