No seria mas sencillo utilizar una base de datos, digamos SQLite, Access, y en la pc servidor diseñar un software que acepte conexiones en determinado puerto, y que con determinado protocolo, puedas hacer consultas SQL como en todas las bases de datos? Digo, porque el programa de leandro no esta diseñado para trabajar como una base de datos convencional. Obviamente que se puede hacer esto, sencillamente editando los scripts php, y para mayor seguridad, usar BASE64, usuarios y contraseñas para ejecutar SQL. Entonces el script quedaria como un "bridge" entre la MySQL y tu soft (la mayoria de hosts no te dejan acceder a la MySQL remotamente).
Deberias empezar por reestructurar el software, mas que nada por crear funciones nuevas como DBExec, etc. Luego tendrias que parsear el resultado, asi podes usar filas y columnas. Lo mejor seria hacer como hace el CSV, o bien pasarse a XML.
salu2